A missão da ENSP foi definida como sendo a de promover "a formação pós-graduada e a investigação na área da Saúde Pública", de forma a contribuir para "o estudo aprofundado e para a difusão do conhecimento nessa área". Assim, a missão da ENSP inclui essencialmente os seguintes elementos:

    • Promover um processo de ensino/aprendizagem em Saúde Pública centrado no aluno e numa visão integrada, dinâmica e prospectiva do sistema de saúde e das ciências da Saúde Pública.
    • Dedicar-se à descoberta científica, à produção do conhecimento e à inovação das práticas da Saúde Pública.
    • Articular a investigação e o ensino com a acção e a inovação em Saúde Pública, de forma a constituir-se como influência efectiva da sociedade do conhecimento emergente, integrando-se activamente nas cadeias de valor da sociedade em rede, em desenvolvimento.

O exercício da missão da ENSP não se esgota na promoção da saúde dos portugueses, mas exprime-se também na sua contribuição para o bem-estar na Europa e para a promoção da "saúde global".