A Escola Nacional de Saúde Pública conta com quatro estruturas de organização científica e pedagógica, que agrupam docentes e investigadores nas seguintes áreas científicas:
Estratégias em Saúde, que integra as disciplinas de Biologia e Saúde, Epidemiologia e Estatística, Saúde Global, Planeamento e Governação em Saúde e Promoção da Saúde
Saúde Ocupacional e Ambiental, que integra as disciplinas de Saúde Ocupacional e Saúde Ambiental
Políticas e Gestão de Sistemas de Saúde, que integra as disciplinas de Gestão de Organizações de Saúde e Políticas dos Serviços de Saúde
Ciências Sociais em Saúde, que integra as disciplinas de Economia da Saúde, Sociologia da Saúde e Direito da Saúde e Bioética