João Pereira é Professor Catedrático de Economia da Saúde, membro do Centro de Investigação em Saúde Pública (CISP) e do Comprehensive Health Research Centre (CHRC).
As suas áreas de interesse académico englobam a Medição da equidade em saúde, Avaliação económica de programas e tecnologias de saúde, Financiamento dos sistemas de saúde e Saúde Pública. Para além das suas atividades académicas, exerce funções como Presidente do Conselho Geral da Escola Superior de Enfermagem de Lisboa.
Ao longo da sua carreira, foi Presidente da Associação Portuguesa de Economia da Saúde (APES), Editor-Chefe do Portuguese Journal of Public Health, consultor de organismos internacionais como a OMS, CE, DFID-UK e Banco Mundial, e membro de várias Comissões e Grupos de Peritos do Governo Português. É autor ou coordenador de oito livros e diversos artigos em revistas e livros sobre aspetos económicos da saúde.
Doutorado em Economia pela University of York, agregado em Saúde Pública / Economia da Saúde pela Universidade NOVA de Lisboa, mestre em Economia da Saúde pela University of York e licenciado em Economia e Política pela University of Warwick.